Aplicações rodando no Container Tomcat 6 às vezes apresentam problemas de acentuação. Tive esse problema, e para resolver, fui na pasta bin e depois no arquivo catalina.sh (no Linux), e se for no Windows, no catalina.bat, que fica na pasta bin do Tomcat.

Basta acrescentar a seguinte linha logo após os comentários (linhas que começam com #):

JAVA_OPTS="-Dfile.encoding=ISO-8859-1 -Duser.language=pt -Duser.region=BR"