Existe um comando para habilitar e desabilitar o Touchpad no Linux.

Abra o Terminal (CTRL + T).

Para habilitar:

synclient TouchpadOff=0

Para desabilitar:

synclient TouchpadOff=1

Se você preferir, crie scripts para facilitar a chamada a esses comandos.

Fonte: http://ubuntuforum-pt.org/index.php?topic=48778.0