Quando for preciso começar o ID (em auto increment) de uma tabela por um número específico, ou seja, se você quizer que os IDs dos clientes comecem por 1000, ao invés de zero, ou qualquer outro numero, ou até mesmo modificar esse valor depois que já existem registros na tabela, basta fazer da seguinte forma:

ALTER TABLE `banco`.`tabela` AUTO_INCREMENT = VALOR

Exemplo:

ALTER TABLE `loja`.`clientes` AUTO_INCREMENT = 953