Se você precisar apagar todos os arquivos com um tipo (extensão) no Linux, tem uma linha de comando que vai te ajudar. É essa:

 

rm -rf `find /diretorio/que/quer/apagar/ -iname "*.extensao"`

Por exemplo:

rm -rf `find /home/tiago/NetBeansProjects/MeuProjeto -iname "*.class"`

A linha acima vai apagar todos os arquivos com extensão .class da pasta /home/tiago/NetBeansProjects/MeuProjeto Simples assim. O procecedimento foi testado no Ubuntu 10.04 LTS Desktop