Quando trabalhamos com um projeto no Eclipse no Linux, a codificação padrão é UTF-8. Essa codificação é universal, ou seja, contém acentos e caracteres especiais, mas no Windows a codificação padrão é ISO Latin1 (8859-1). Isso causa problemas com os acentos no Windows.

Para resolver esse problema, é só mudar a codificação no Eclipse de UTF-8 para ISO Latin1.

Acesse o menu Window / Preferences / Web. Nas Opções CSS Files, JavaScript e JSP Files, altere Encoding para ISO Latin-1

Pronto 🙂